Flamandų buvjė, kaip ir daugelio kitų darbinių veislių šunų, istorija gana neaiški, nes jie buvo atrenkami ir veisiami ne dėl išvaizdos, o dėl darbinių savybių. Belgijoje ir Prancūzijoje buvo nemažai panašių darbinių veislių, įskaitant Ardėnų buvjė, Ruselarės buvjė ir flamandų buvjė, tačiau tai buvo veikiau tipai, o ne atpažįstamos veislės, turinčios kokį nors rašytinį veislės standartą. Manoma, kad flamandų buvjė veislė buvo išvesta iš barbetų, brabantų, šnaucerių, grifonų ir boseronų, nors tikėtina, kad buvo ir kitų veislių atstovų.
Pirmą kartą parodų ringe buvjė pasirodė tik 1910 m., ir šis bebaimis ūkio šuo, kurio darbas buvo ganyti bandas, traukti vežimėlius ar vežti pieną, tapo žinomas už Belgijos ir Prancūzijos kaimo vietovių ribų.
Per du pasaulinius karus buvjė, kaip ir daugelis Europos šunų veislių, patyrė sunkumų, ir tik 1973 m. kinologų klubas pripažino šią veislę ir jos atstovas pasirodė Jungtinės Karalystės parodų ringe.